- イヌワシ繁殖地【天然記念物】下閉伊郡岩泉町、石巻市
- エヒメアヤメ自生南限地帯【天然記念物】松山市、防府市、佐賀市、小林市
- おくのほそ道の風景地（草加松原、ガンマンガ淵（慈雲寺境内）、八幡宮（那須神社境内）、殺生石、遊行柳（清水流るゝの柳）、黒塚の岩屋、武隈の松、つゝじが岡及び天神の御社、木の下及び薬師堂、壺碑（つぼの石ぶみ）、興井、末の松山、籬が島、金鶏山、高館、さくら山、本合海、三崎（大師崎）、象潟及び汐越、親しらず、有磯海、那谷寺境内（奇石）、道明が淵（山中の温泉）、けいの明神（氣比神宮境内）、大垣船町川湊）【名勝】埼玉県草加市、栃木県日光市・大田原市・那須郡那須町、福島県二本松市、宮城県岩沼市・仙台市・多賀城市・塩竈市、岩手県西磐井郡平泉町、山形県新庄市・飽海郡遊佐町、秋田県にかほ市、新潟県糸魚川市、富山県高岡市、石川県小松市・加賀市、岐阜県大垣市
- カササギ生息地【天然記念物】久留米市、柳川市、みやま市、三潴郡、佐賀市、多久市、小城市、武雄市、三養基郡、神埼郡、鳥栖市、杵島郡、鹿島市、嬉野市、藤津郡
- ツバキ自生北限地帯【天然記念物】東津軽郡平内町、男鹿市
- ノカイドウ自生地【天然記念物】霧島市、えびの市
- ハマナス自生南限地帯【天然記念物】鳥取市、西伯郡大山町、鹿嶋市
- ヒトツバタゴ自生地【天然記念物】犬山市、瑞浪市、恵那市、中津川市
- ヘゴ自生北限地帯【天然記念物】東京都八丈島八丈町、長崎県五島市、鹿児島県肝属郡南大隅町・肝付町、南さつま市、薩摩川内市、宮崎県日南市
- 延暦寺境内【史跡】京都市、大津市
- 横山楡原衝上断層【天然記念物】富山市、飛騨市
- 加越国境城跡群及び道 切山城跡 松根城跡 小原越【史跡】富山県小矢部市、石川県金沢市
- 加賀藩主前田家墓所【史跡】金沢市、高岡市
- 基肄（椽）城跡【特別史跡】筑紫野市、三養基郡基山町
- 近松門左衛門墓【史跡】大阪市、尼ヶ崎市
- 熊野三山【史跡】新宮市、田辺市、東牟婁郡那智勝浦町、南牟婁郡紀宝町
- 熊野参詣道（紀伊路、中辺路、大辺路、小辺路、伊勢路、熊野川、七里御浜、花の窟）【史跡】海南市、有田市、有田郡広川町、新宮市、田辺市、西牟婁郡上富田町、東牟婁郡那智勝浦町、田辺市、西牟婁郡白浜町・すさみ町、東牟婁郡那智勝浦町・串本町、伊都郡高野町、田辺市、吉野郡野迫川村・吉野郡十津川村、新宮市、田辺市、熊野市、尾鷲市、度会郡大紀町・北牟婁郡紀北町、南牟婁郡御浜町、新宮川水系熊野川、熊野市、南牟婁郡御浜町・紀宝町、熊野市
- 犬ヶ岳ツクシシャクナゲ自生地【天然記念物】豊前市、中津市
- 玄蕃尾城（内中尾山城）跡【史跡】敦賀市、伊香郡余呉町
- 三井三池炭鉱跡（宮原坑跡、万田坑跡、専用鉄道敷跡、旧長崎税関三池税関支署）【史跡】福岡県大牟田市、熊本県荒尾市
- 三波石峡【名勝】藤岡市、児玉郡神川町
- 三嶺・天狗塚のミヤマクマザサ及びコメツツジ群落【天然記念物】三好市、香美市
- 山陰道（蒲生峠越、徳城峠越、野坂峠越）【史跡】岩美郡岩美町、鹿足郡津和野町
- 十和田湖および奥入瀬渓流【特別名勝】十和田市、鹿角郡小坂町
- 出羽仙台街道中山越【史跡】大崎市、最上郡最上町
- 石のカラト古墳【史跡】奈良市、木津川市
- 大安寺旧境内附石橋瓦窯跡【史跡】奈良市、京都府綴喜郡井手町
- 大峯奥駈道【史跡】吉野郡吉野町・黒滝村・川上村・天川村・上北山村・下北山村・十津川村、五條市、田辺市、新宮市
- 鷹巣山【天然記念物】田川郡添田町、下毛郡山国町
- 中山道【史跡】長野県小県郡長和町・木曽郡南木曽町、岐阜県中津川市・可児郡御嵩町
- 朝鮮通信使遺跡（鞆福禅寺境内、牛窓本蓮寺境内、興津清見寺境内）【史跡】福山市、瀬戸内市、静岡市
- 鳥海山【史跡】山形県飽海郡遊佐町、秋田県由利本荘市、にかほ市
- 瀞八丁【特別名勝】新宮市、南牟婁郡紀和町、吉野郡十津川村
- 奈良山瓦窯跡（歌姫瓦窯跡、音如ヶ谷瓦窯跡、市坂瓦窯跡、梅谷瓦窯跡、鹿背山瓦窯跡、中山瓦窯跡）【史跡】奈良県奈良市、京都府木津川市
- 白馬連山高山植物帯【特別天然記念物】下新川郡朝日町、黒部市、北安曇郡白馬村、糸魚川市
- 箱根旧街道【史跡】神奈川県足柄下郡箱根町、静岡県三島市・田方郡函南町
- 箱根旧街道【史跡】足柄下郡箱根町、三島市・田方郡函南町
- 比叡山鳥類繁殖地【天然記念物】京都市、大津市
- 尾瀬【特別天然記念物】南会津郡檜枝岐村、利根郡片品村、魚沼市
- 琵琶湖疏水【史跡】京都市、大津市
- 彦根藩主井伊家墓所【史跡】彦根市・東近江市、世田谷区
- 富士山【史跡】山梨県富士吉田市、南都留郡富士河口湖町・鳴沢村、静岡県富士宮市、裾野市、駿東郡小山町
- 富士山【特別名勝】山梨県、静岡県
- 木曽川【名勝】犬山市、可児市、加茂郡坂祝町、各務原市
（2017年12月時点 文化庁：国指定文化財等データベースでの確認 http://kunishitei.bunka.go.jp/bsys/index_pc.html）
全国の国指定史跡名勝天然記念物。
