- アポイ岳高山植物群落【特別天然記念物】様似郡様似町
- ウサクマイ遺跡群【史跡】千歳市
- エゾミカサリュウ化石【天然記念物】三笠市
- オオミズナギドリ繁殖地【天然記念物】松前郡松前町
- オタフンベチャシ跡【史跡】十勝郡浦幌町
- オンネトー湯の滝マンガン酸化物生成地【天然記念物】足寄郡足寄町
- カリンバ遺跡【史跡】恵庭市
- キウス周堤墓群【史跡】千歳市
- シベチャリ川流域チャシ跡群及びアッペツチャシ跡【史跡】日高郡新ひだか町、沙流郡日高町
- ヒノキアスナロおよびアオトドマツ自生地【天然記念物】檜山郡江差町
- ピリカノカ（九度山（クトゥンヌプリ）、黄金山（ピンネタイオルシペ）、神威岬（カムイエトゥ）、襟裳岬（オンネエンルム）、瞰望岩（インカルシ）、カムイチャシ、絵鞆半島外海岸、十勝幌尻岳（ポロシリ）、幌尻岳（ポロシリ）、オキクルミのチャシ及びムイノカ）【名勝】名寄市、石狩市、枝幸郡浜頓別町・枝幸町、幌泉郡えりも町、紋別郡遠軽町、虻田郡豊浦町、帯広市、室蘭市、河西郡中札内村、沙流郡平取町
- ピリカ遺跡【史跡】瀬棚郡今金町
- フゴッペ洞窟【史跡】余市郡余市町
- モシリヤ砦跡【史跡】釧路市
- ユクエピラチャシ跡【史跡】足寄郡陸別町
- 阿寒湖のマリモ【特別天然記念物】釧路市
- 円山原始林【天然記念物】札幌市
- 音江環状列石【史跡】深川市
- 歌才ブナ自生北限地帯【天然記念物】寿都郡黒松内町
- 開拓使札幌本庁本庁舎跡および旧北海道庁本庁舎【史跡】札幌市
- 垣ノ島遺跡【史跡】函館市
- 旧奥行臼駅逓所【史跡】野付郡別海町
- 旧下ヨイチ運上家【史跡】余市郡余市町
- 旧岩船氏庭園（香雪園）【名勝】函館市
- 旧島松駅逓所【史跡】札幌郡北広島市
- 旧余市福原漁場【史跡】余市郡余市町
- 旧留萌佐賀家漁場【史跡】留萌市
- 琴似屯田兵村兵屋跡【史跡】札幌市
- 釧路湿原【天然記念物】川上郡標茶町、阿寒郡鶴居村、釧路郡釧路町
- 桂ヶ岡砦跡【史跡】網走市
- 五稜郭跡【特別史跡】函館市
- 後方羊蹄山の高山植物帯【天然記念物】虻田郡倶知安町・京極町・喜茂別町・真狩村・ニセコ町
- 江別古墳群【史跡】江別市
- 国泰寺跡【史跡】厚岸郡厚岸町
- 根室車石【天然記念物】根室市
- 根室半島チャシ跡群【史跡】根室市
- 沙流川源流原始林【天然記念物】沙流郡日高町
- 最寄貝塚【史跡】網走市
- 四稜郭【史跡】函館市
- 志苔館跡【史跡】函館市
- 手宮洞窟【史跡】小樽市
- 春採湖ヒブナ生息地【天然記念物】釧路市
- 春採台地竪穴群【史跡】釧路市
- 女満別湿生植物群落【天然記念物】網走郡女満別町
- 庄内藩ハママシケ陣屋跡【史跡】浜益郡浜益村
- 昭和新山【特別天然記念物】有珠郡壮瞥町
- 松前氏城跡（福山城跡、館城跡）【史跡】松前郡松前町、檜山郡厚沢部町
- 松前小島【天然記念物】松前郡松前町
- 松前藩戸切地陣屋跡【史跡】上磯郡上磯町
- 松前藩主松前家墓所【史跡】松前郡松前町
- 焼尻の自然林【天然記念物】苫前郡羽幌町
- 上之国館跡（花沢館跡、洲崎館跡、勝山館跡）【史跡】檜山郡上ノ国町
- 常呂遺跡【史跡】常呂郡常呂町
- 西月ヶ岡遺跡【史跡】根室市
- 静川遺跡【史跡】苫小牧市
- 善光寺跡【史跡】伊達市
- 藻岩原始林【天然記念物】札幌市
- 大館跡【史跡】松前郡松前町
- 大黒島海鳥繁殖地【天然記念物】厚岸郡厚岸町
- 大雪山【特別天然記念物】上川郡上川町・東川町・美瑛町・新得町
- 大船遺跡【史跡】函館市
- 大谷地貝塚【史跡】余市郡余市町
- 鶴ヶ岱チャランケ砦跡【史跡】釧路市
- 天都山【名勝】網走市
- 天売島海鳥繁殖地【天然記念物】苫前郡羽幌町
- 登別原始林【天然記念物】登別市
- 東蝦夷地南部藩陣屋跡（モロラン陣屋跡、ヲシャマンベ陣屋跡、砂原陣屋跡）【史跡】室蘭市、山越郡長万部町、茅部郡砂原町
- 東釧路貝塚【史跡】釧路市
- 入江・高砂貝塚【史跡】虻田郡洞爺湖町
- 忍路環状列石【史跡】小樽市
- 白滝遺跡群【史跡】紋別郡遠軽町
- 白老仙台藩陣屋跡【史跡】白老郡白老町
- 標津遺跡群（伊茶仁カリカリウス遺跡、古道遺跡、三本木遺跡）【史跡】標津郡標津町
- 標津湿原【天然記念物】標津郡標津町
- 北黄金貝塚【史跡】伊達市
- 北斗遺跡【史跡】釧路市
- 幌満ゴヨウマツ自生地【天然記念物】様似郡様似町
- 霧多布泥炭形成植物群落【天然記念物】厚岸郡浜中町
- 名寄高師小僧【天然記念物】名寄市
- 名寄鈴石【天然記念物】名寄市
- 茂別館跡【史跡】上磯郡上磯町
- 野幌原始林【特別天然記念物】北広島市
- 夕張岳の高山植物群落および蛇紋岩メランジュ帯【天然記念物】夕張市
- 落石岬のサカイツツジ自生地【天然記念物】根室市
- 和琴ミンミンゼミ発生地【天然記念物】川上郡弟子屈町
- 鷲ノ木遺跡【史跡】茅部郡森町
- 鶉川ゴヨウマツ自生北限地帯【天然記念物】檜山郡厚沢部町
（2017年12月時点 文化庁：国指定文化財等データベースでの確認 http://kunishitei.bunka.go.jp/bsys/index_pc.html）
全国の国指定史跡名勝天然記念物。
